項目組合分析則從項目價值收益、項目所需資源與能力、項目風險和項目之間的依賴關系4個方面確定各項目的優先級。項目組合分析方法需要邀請若干具有經驗的專家對每個項目從4個方面評價打分，根據專家評價的綜合結果，確定項目的優先級。

從項目收益角度看，對于多數專家認為意義重大，收益很高的項目，應該考慮為首先建設的最高優先級；對于那些意義較大、收益較高的項目，則可以考慮為盡快建設的優先級；對于那些收益相對較低的項目則給予條件成熟時建設的優先級。

而從項目風險角度看，收益比較高的那些項目，往往也屬于風險比較大的項目。在項目實施的時候要考慮風險因素，盡量選擇收益／風險比大的項目優先實施。對于收益／風險比適中的項目，可以選擇其中最重要的、收益／風險比相對較大的項目給予優先實施。

從項目依賴度角度看，越是高層的項目與其他項目的依賴度越高。生產運營層項目，一般具有一定的專業特性，對其他項目的依賴度相對較弱，而它又是高層應用項目的基本數據支撐，被依賴程度很高，一般可給予先行實施，為后續項目的依賴支撐做好準備。